Để duy trì sức khoẻ của đàn chó, ông Hiếu phải mất khá nhiều công sức chăm sóc và nghiên cứu về điều kiện sống, loài chó này vốn quen sống ở môi trường nóng, ẩm của đảo nên khi đưa về Hà Nội - vùng có khí hậu lạnh - thường hay bị ốm, cùng với đó môi trường ở miền Bắc cũng khiến cho việc sinh sản của loài chó Phú Quốc cũng bị ảnh hưởng, nếu chó đẻ vào những tháng nắng nóng của mùa hè thường chất lượng giống sẽ không được cao.

Những năm đầu tiền chó Phú Quốc bắt đầu được nuôi tại Hà Nội, nhiều người cho rằng chó Phú Quốc sống ở đảo nên có màng ở chân để thích nghi với việc bơi lội. Tuy nhiên ông Nguyễn Chí Hiếu lại hoàn toàn phủ nhận điều đó, “những người buôn chó trước kia khi mang chó từ đảo Phú Quốc về do không biết cách cho ăn nên bàn chân chó không hấp thụ đủ canxi nên sau một thời gian chó Phú Quốc bị hạ bàn, những con chó như vậy sẽ bị yếu và khả năng chạy nhảy sẽ bị hạn chế rất nhiều”.