Hiện tại trong cơ cấu lãnh đạo Bộ Giao thông vận tải đang có 4 Thứ trưởng bao gồm:

1. Thứ trưởng Nguyễn Ngọc Đông (55 tuổi)

Thứ trưởng Nguyễn Ngọc Đông trực tiếp chỉ đạo các lĩnh vực công tác: Quản lý nhà nước về lĩnh vực đường sắt, an toàn giao thông đường sắt; Xây dựng cơ bản, bao gồm: xây dựng thể chế, chính sách chung; xây dựng tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về hệ thống kết cấu hạ tầng giao thông; xây dựng các quy trình, quy phạm, định mức kinh tế - kỹ thuật áp dụng trong quản lý xây dựng cơ bản và quản lý kết cấu hạ tầng giao thông; chất lượng xây dựng cơ bản; chủ động bao quát, quán xuyến, theo dõi, đôn đốc thực hiện công tác xây dựng cơ bản trong toàn ngành; theo dõi chung về các nguồn vốn ODA và là đầu mối trong quan hệ với WB, JICA, EDCF và các nhà tài trợ khác (trừ ADB);

- Chịu trách nhiệm chỉ đạo toàn diện về tiến độ và chất lượng các dự án thuộc lĩnh vực, địa bàn phụ trách và các dự án khác do Bộ trưởng phân công. Chuẩn bị đầu tư và triển khai thực hiện các dự án đầu tư xây dựng kết cấu hạ tầng giao thông khu vực các tỉnh, thành phố vùng Đông Nam bộ, Tây Nguyên và Bình Thuận; Dự án Đường Hồ Chí Minh khu vực tỉnh vùng Đông Nam bộ; một số dự án xây dựng kết cấu hạ tầng giao thông đường sắt và các dự án khác do Bộ trưởng phân công (chi tiết tại Phụ lục kèm theo); Chịu trách nhiệm theo dõi chung công tác quản lý nhà nước về GTVT, giao thông nông thôn tại các tỉnh, thành phố vùng Đông Nam bộ, Tây Nguyên và Bình Thuận;

- Giúp Bộ trưởng các công tác: Chỉ đạo chung công tác xây dựng văn bản quy phạm pháp luật, chiến lược, quy hoạch và các đề án khác; phổ biến, giáo dục pháp luật; Kế hoạch vốn đầu tư phát triển; Tái cơ cấu đầu tư công; Chỉ đạo xây dựng cơ chế đột phá huy động nguồn vốn và triển khai thực hiện các dự án xây dựng kết cấu hạ tầng giao thông; Phòng, chống tham nhũng;

- Theo dõi và chỉ đạo hoạt động của các cơ quan, đơn vị: Vụ Kế hoạch - Đầu tư, Ban Quản lý đầu tư các dự án đối tác công - tư, Vụ Khoa học - Công nghệ, Cục Đường sắt Việt Nam, Viện Chiến lược phát triển GTVT, Viện Khoa học và Công nghệ GTVT, Ban Quản lý dự án 85, Ban Quản lý dự án 2, Ban Quản lý dự án đường sắt.

Các chức danh kiêm nhiệm gồm: Thành viên Ban Chỉ đạo Tây Nguyên; Thành viên Ban Chỉ đạo điều phối các vùng kinh tế trọng điểm; Thành viên Hội đồng phối hợp công tác phổ biến, giáo dục pháp luật của Chính phủ; Phó Chủ tịch Hội đồng phối hợp công tác phổ biến, giáo dục pháp luật của Bộ GTVT; Thành viên Uỷ ban Điều phối chung Việt Nam - Nhật Bản về 3 dự án hạ tầng quy mô lớn; Thành viên Ban Chỉ đạo Chương trình đổi mới công nghệ quốc gia; Thành viên Ban Chỉ đạo các công trình, dự án trọng điểm ngành GTVT.

2. Thứ trưởng Nguyễn Văn Công

Thứ trưởng Nguyễn Văn Công trực tiếp chỉ đạo các lĩnh vực công tác: Quản lý nhà nước về lĩnh vực hàng hải, logistics; công tác an toàn, an ninh và tìm kiếm, cứu nạn hàng hải; Chuẩn bị đầu tư và thực hiện các dự án đầu tư xây dựng kết cấu hạ tầng giao thông các tỉnh khu vực đồng bằng sông Hồng (trừ Hà Nội); một số dự án kết cấu hạ tầng hàng hải, đường thủy nội địa và các dự án khác do Bộ trưởng phân công (chi tiết tại Phụ lục kèm theo); Chịu trách nhiệm theo dõi chung công tác quản lý nhà nước về GTVT, giao thông nông thôn tại các tỉnh khu vực đồng bằng sông Hồng (trừ Hà Nội);

Các chức danh kiêm nhiệm gồm: Tham gia Ban Chỉ đạo nhà nước về tổ chức điều phối phát triển các vùng kinh tế trọng điểm khu vực Bắc bộ; Thành viên Ban Chỉ đạo biển Đông - Hải đảo; Thành viên Ban Chỉ đạo tái cơ cấu Tổng công ty Công nghiệp tàu thủy; Thành viên Ủy ban bảo vệ môi trường lưu vực sông Cầu, Ủy ban bảo vệ môi trường lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy....

3. Thứ trưởng Lê Đình Thọ (54 tuổi)

Thứ trưởng Lê Đình Thọ trực tiếp chỉ đạo các lĩnh vực công tác: Thể chế, chính sách chung về vận tải; kết nối các phương thức vận tải và giao thông tiếp cận; Đào tạo và cấp giấy phép lái xe; Kinh tế tập thể và hợp tác xã ngành GTVT; Chịu trách nhiệm chỉ đạo toàn diện về tiến độ và chất lượng các dự án thuộc lĩnh vực, địa bàn phụ trách; chuẩn bị đầu tư và thực hiện các dự án đầu tư xây dựng kết cấu hạ tầng giao thông các tỉnh, thành phố miền Trung từ Thanh Hóa đến Quảng Ngãi, Dự án đường Hồ Chí Minh qua các tỉnh, thành phố miền Trung từ Thanh Hóa đến Quảng Nam; các dự án an toàn giao thông và dự án khác do Bộ trưởng phân công.

Giúp Bộ trưởng các công tác: Công tác an toàn giao thông và xử lý ùn tắc giao thông toàn ngành; Tái cơ cấu vận tải; Hợp tác quốc tế trong lĩnh vực và phạm vi được phân công; theo dõi chung về hợp tác với Lào; Theo dõi, tổng hợp và chịu trách nhiệm chung về tiến độ, chất lượng, đúng quy định của pháp luật các dự án cải tạo, mở rộng, nâng cấp Quốc lộ 1;

Các chức danh kiêm nhiệm: Thành viên Ủy ban An toàn giao thông Quốc gia; Thành viên Ban Chỉ đạo Nhà nước về Du lịch; Trưởng Ban Chỉ đạo phát triển vận tải công cộng; Tham gia Hội đồng Trung ương Liên minh các Hợp tác xã Việt Nam; Phó Chủ tịch Chương trình phòng, chống thương tích quốc gia; Phó Chủ tịch Hội hữu nghị Việt - Lào; Tham gia Ban Chỉ đạo nhà nước về tổ chức điều phối phát triển vùng kinh tế trọng điểm khu vực Trung bộ.

4. Thứ trưởng Nguyễn Nhật (56 tuổi)

Thứ trưởng Nguyễn Nhật sinh năm 1961, quê quán thị xã Hồng Lĩnh, tỉnh Hà Tĩnh, trình độ là thạc sỹ quản trị kinh doanh, cử nhân đại học hàng hải.

Trước khi được bổ nhiệm làm Thứ trưởng Bộ Giao thông Vận tải (tháng 6/2015), ông Nguyễn Nhật từng đảm nhiệm các chức vụ: Tổng giám đốc Tổng công ty Khoáng sản và Thương mại Hà Tĩnh, Phó chủ tịch UBND tỉnh Hà Tĩnh, Cục trưởng Cục Hàng hải Việt Nam.

Ông Nhật cũng được biết đến là một trong những người đầu tiên quyết định bỏ vốn đầu tư vào khu vực cảng Vũng Áng gần 20 năm trước khi ông còn là quản lý doanh nghiệp tại Hà Tĩnh.

Vào tháng 9/2012, sau khi Dương Chí Dũng và đồng phạm bị bắt trong một vụ án kinh tế, ông Nguyễn Nhật được điều ra thay.